霍乱毒素由（Cholera toxin,CT）两个亚单位组成，即A亚单位（CTA）和B亚单位（CTB）。A亚单位是霍乱毒素的活性部分，B亚单位的主要功能是通过与哺乳动物小肠上皮细胞上的单唾液酸神经节苷脂GM1结合而使得A亚单位进入细胞。霍乱毒素由霍乱操纵子（ctx）编码，从5到3方向，依次是反激活因子ToxR的识别序列、启动子、A基因（ctxA）、B基因（ctxB）和不依赖于r因子的转录终止系列。现在普遍认为操纵子中只有一个启动子，ctxA和ctxB位于同一个转录单位中。在霍乱弧菌中，ctxB基因的表达水平是ctxA 基因的5倍，克隆的ctx操纵子在大肠杆菌中表达时，B基因的表达水平是A基因的6倍以上。但曹诚等研究发现，霍乱毒素B亚单位基因上游Xbal~Clal限制性片段内（即在霍乱毒素A亚基结构基因内部）存在具有启动子活性的序列。在该启动子的控制下霍乱毒素B亚基因可以高效表达，该启动子的存在可能是霍乱弧菌和大肠杆菌中CTB亚基的表达产量分别是CTA亚基的6倍和7倍的原因。
霍乱毒素B亚单位（www.absin.cn）基因（CtxB）序列长约380bp，一共编码124个氨基酸，其中前21个氨基酸为信号肽序列。对CtxB基因编码的124个氨基酸序列进行计算机软件二级结构预测分析，前17个氨基酸具有明显疏水性，形成一个a螺旋和一个b折叠。第21位的Gly和Thr亲水性较强，露于分子表面，有利于信号肽酶的切割。
